Μετά το 2ο three-peat ο Τζόρνταν αποχώρησε από τα γήπεδα, ανακοινώνοντας την απόφασή του επίσημα στις 13 Ιανουαρίου του 1999 (η χρονιά άργησε να αρχίσει λόγω του λοκ-άουτ). Ένα χρόνο αργότερα, στις 19 Ιανουαρίου του 2000 επέστρεψε στο NBA, όμως όχι ως παίκτης, αλλά ως εν μέρει ιδιοκτήτης και Πρόεδρος των Ουάσινγκτον Ουίζαρντς.
Πριν συμφωνήσει με τους Ουίζαρντς ο Τζόρνταν είχε κάνει πρόταση για να γίνει εν μέρει ιδιοκτήτης των Σάρλοτ Χόρνετς, αλλά η συμφωνία δεν έγινε ποτέ, επειδή ο ιδρυτής (και ιδιοκτήτης των Χόρνετς) Τζορτζ Σιν δεν ήθελε να αφήσει τον πλήρη έλεγχο της ομάδας στον Τζόρνταν.
Αυτό έκαναν οι Ουίζαρντς, αφήνοντας στον Τζόρνταν τον πλήρη έλεγχο, ακόμη και στις προσλήψεις του προσωπικού. Αν και αρχικά πολλοί εξήραν τον Τζόρνταν, η επιλογή του Κουόμε Μπράουν στο ντραφτ του 2001 του στοίχισε.
Το καλοκαίρι του 2001, βλέποντας ότι… πιο εύκολα θα έκανε τους Ουίζαρντς ομάδα παίζοντας παρά κανονίζοντας τα του οίκου τους από ένα γραφείο άρχισε να σκέφτεται την επιστροφή στην αγωνιστική δράση. Η αρχή έγινε από την επιστροφή του φίλου του Μάριο Λεμιέ στο NHL τον περασμένο χειμώνα σε ηλικία 36 ετών. Ο Λεμιέ επηρέασε τον Τζόρνταν, εκείνος δεν είχε αποβάλει ποτέ το μικρόβιο του μπάσκετ, οπότε στα 38 του αποφάσισε να ξαναπαίξει.
Οι «γνώστες» σιγουρεύτηκαν ότι ο Τζόρνταν θα επέστρεφε όταν προσέλαβε τον Νταγκ Κόλινς (παλιό του προπονητή στο Σικάγο) για κόουτς στους Ουίζαρντς. Το καλοκαίρι πέρασε με σορτσάκι και πολλά καμπ (που πήγαινες μόνο με πρόσκληση) όπου παρέα με αρκετούς παίκτες του NBA ο Τζόρνταν ετοίμαζε την επιστροφή του.
Στις 25 Σεπτεμβρίου του 2001 ο Τζόρνταν ανακοίνωσε την επιστροφή του στο μπάσκετ, προσθέτοντας ότι θα δωρίσει την αμοιβή του στις οικογένειες των θυμάτων της τρομοκρατικής επίθεσης της 11ης Σεπτεμβρίου στους «Διδύμους Πύργους» της Νέας Υόρκης. Την ίδια περίοδο, ο πιο γνωστός Έλληνας δημοσιογράφος έγραφε ότι ο Τζόρνταν επιστρέφει για τα 1,2 εκατομμύρια δολάρια και ντροπιαζόταν για λίγα λεφτά (αυτά για να μαθαίνουν οι νεότεροι το πόσο… το έψαχναν οι Έλληνες δημοσιογράφοι).
Μπορεί να μην ήταν ο παλιός Τζόρνταν, αλλά στα 38 του παρέμενε ο μεγαλύτερος θρύλος του μπάσκετ. Έχοντας αλλάξει πλήρως το στιλ του, ο Τζόρνταν μπορούσε με ευκολία να σκοράρει από μέση και μακρινή απόσταση, δίχως πολλές φορές να ιδρώνει καν απέναντι σε κατά πολύ νεότερους αμυντικούς. Η χρονιά του τελείωσε μετά από 60 παιχνίδια, καθώς έκοψε τους συνδέσμους στο δεξί του γόνατο, αλλά ως τότε είχε στα 38 του 22.9 πόντους, 5.7 ριμπάουντ, 5.2 ασίστ και 1.42 κλεψίματα όντας 1ος σκόρερ, πασέρ και «κλέφτης» της ομάδας. Στο πρώτο του παιχνίδι μετά την επιστροφή είχε 19 πόντους, 6 ασίστ, 5 ριμπάουντ και 4 ασίστ εναντίον των Νικς στο Μάντισον. Εκείνη τη σεζόν ξεπέρασε τους 30.000 πόντους (εναντίον των Σικάγο Μπουλς στις 4 Ιανουαρίου του 2002). Εκείνη τη σεζόν ανέβασε το ρεκόρ πόντων από έναν παίκτη στο γήπεδο των Ουίζαρντς (MCI Center) στους 51 (στις 29 Δεκεμβρίου κατά των Χόρνετς), ενώ έσπασε και τα ρεκόρ γηπέδου για πόντους στην πρώτη περίοδο (24), δεύτερη περίοδο (19), ημίχρονο (34).
Επίσης, είχε 45 πόντους, 10 ριμπάουντ, 7 ασίστ και 3 κλεψίματα εναντίον των Νετς στις 31 Δεκεμβρίου (δηλαδή σε ηλικία 38 ετών είχε 96 πόντους σε δύο συνεχόμενα ματς). Είχε συνολικά 5 φορές πάνω από 40 πόντους μέσα στη σεζόν. Κανείς δεν τόλμησε να τον θεωρήσει «τελειωμένο» (γράφτηκε και αυτό στην Ελλάδα), αφού στο γήπεδο ήταν ακόμη στην αφρόκρεμα.
Όμως, ο τραυματισμός έκανε πολλούς να σκεφτούν ότι στα 39 του θα έδινε τέλος στην καριέρα του. Ο Τζόρνταν δεν ήθελε να φύγει έτσι από τα παρκέ, το ήθελε με τους δικούς του όρους και το έκανε με τους δικούς του όρους. Ανακοίνωσε ότι θα επιστρέψει για ακόμη μία σεζόν, το 2002-03. Σε μια χρονιά που ο Τζόρνταν έγινε 40 ετών, γέμισε την ιστορία του με πολλά ακόμη ρεκόρ.
Ήταν ο μόνος παίκτης των Ουίζαρντς που έπαιξε και στα 82 παιχνίδια της σεζόν. Είχε 20.0 πόντους, 6.1 ριμπάουντ, 3.8 ασίστ και 1.5 κλεψίματα ανά αγώνα, ενώ σούταρε με 45% εντός παιδιάς και 82% στις βολές. Εκείνη τη σεζόν όλα τα παιχνίδια στην Ουάσινγκτον ήταν «sold-out», ενώ τα εισιτήρια στα ματς των Ουίζαρντς ήταν 20.172 ανά αγώνα εντός έδρας και 19.311 εκτός έδρας. Ο Τζόρνταν συνέχισε… την προσφιλή του συνήθεια να «χώνει» στους συμπαίκτες του και να τους κριτικάρει πολύ σκληρά, με τον Κουόμε Μπράουν να ακούει τα περισσότερα.
Είχε 42 φορές πάνω από 20 πόντους, 9 φορές πάνω από 30 και 3 φορές 40 ή περισσότερους πόντους μέσα στη σεζόν. Στις 21 Φεβρουαρίου του 2003 ο Τζόρνταν έγινε ο πρώτος και μόνος άνω των 40 ετών και βέβαια ο γηραιότερος αθλητής στην ιστορία του NBA που ξεπερνούσε τους 40 πόντους σε έναν αγώνα, με τους 43 που έβαλε εναντίον των Νιου Τζέρσεϊ Νετς, μαζεύοντας και 10 ριμπάουντ. Δώδεκα φορές είχε πάνω από 10 ριμπάουντ, ενώ μέσα στη σεζόν είχε 13 double-doubles. Ήταν σε 36 παιχνίδια 1ος σκόρερ των Ουίζαρντς, σε 16 1ος ριμπάουντερ, σε 25 1ος σε ασίστ, σε 32 1ος «κλέφτης» και σε 13 1ος σε τάπες. Όλα αυτά στα… 40 του.
Στις 11 Απριλίου «κλείδωσε» τη θέση του πρώτου σκόρερ σε μέσο όρο όλων των εποχών στο NBA με 30.12 μέσο όρο καριέρας, ενώ στις 8 Απριλίου με 26 πόντους και 10 ριμπάουντ εναντίον των Καβαλίερς είχε κάνει το 200ο double-double της καριέρας του. Ρεκόρ χρονιάς οι 45 πόντοι με τους Χόρνετς, τα 14 ριμπάουντ με τους Χοκς και οι 12 ασίστ με τους Κλίπερς. Μέσα στη χρονιά ξεπέρασε και τον Ουίλτ Τσάμπερλεν και ανέβηκε στην 3η θέση των σκόρερ όλων των εποχών στο NBA όταν εναντίον των Χόρνετ έφτασε τους 31.420 πόντους.
Σε ηλικία 40 ετών ο Τζόρνταν απέδειξε ότι ήταν μοναδικός, κάνοντας πράγματα που κανείς άλλος δεν έχει καταφέρει ποτέ σε τέτοια ηλικία στα παρκέ του NBA. Κάποιοι μπορεί να λένε ότι το μεγαλείο του ξεθώριασε από τη 2η επιστροφή του, αλλά οι αριθμοί λένε ότι μόνο γιγαντώθηκε ακόμη περισσότερο. Ο Τζόρνταν έκανε ρεκόρ στα 40 του που είναι πολύ δύσκολο να καταρριφθούν στο μέλλον. Έκανε 2 χρονιές που έδειξαν στους νεότερους ότι ο θρύλος του θα μείνει αξεπέραστος για πάντα.
Σε κάθε γήπεδο του NBA, ξέροντας ότι τον βλέπουν ως παίκτη για τελευταία φορά, τον αποθέωναν άπαντες, σε μια σεζόν που έμοιαζε με τον απόλυτο φόρο τιμής στον μέγιστο του αθλήματος. Στο all-star game του 2003 ο Τζόρνταν ξεπέρασε τον Καρίμ Αμπντούλ-Τζαμπάρ κι έγινε ο 1ος σκόρερ στην ιστορία των all-star game. Στις 11 Απριλίου του 2003 οι Μαϊάμι Χιτ, στο ματς που ο Τζόρνταν γινόταν επίσημα ο 1ος σκόρερ σε μέσο όρο όλων των εποχών στο NBA, τον τίμησαν αποσύροντας στην οροφή του γηπέδου τους τη φανέλα του, με τον Τζόρνταν να γίνεται ο 1ος παίκτης του οποίου η φανέλα αποσύρεται από ομάδα για την οποία δεν έπαιξε ποτέ. Στο all-star game του 2003 ο Άλεν Άιβερσον και ο Τρέισι ΜακΓκρέιντι του πρόσφεραν τη θέση του βασικού, αλλά αρνήθηκε. Τελικά, δέχτηκε όταν το έκανε ο Βινς Κάρτερ.
Στο τελευταίο του ματς στο Σικάγο, οι οπαδοί των Μπουλς τον χειροκροτούσαν όρθιοι επί 4 λεπτά! Ο τελευταίος του αγώνας στο NBA ήταν στις 16 Απριλίου του 2003 στη Φιλαντέλφια. Ο Τζόρνταν τελείωσε το ματς με 15 πόντους, 4 ριμπάουντ και 4 ασίστ. Αποχώρησε από το παρκέ με 4:13 για το τέλος της τρίτης περιόδου, αλλά από το ξεκίνημα της τέταρτης περιόδου όλο το γήπεδο φώναζε «We want Mike» (σ.σ. «Θέλουμε τον Μάικ»). Ο Νταγκ Κόλινς τον πίεσε και ο Τζόρνταν (που είχε ήδη βάλει πάγο στα γόνατά του), μπήκε μέσα 2:35 πριν το τέλος. Στο 1:45 ο Έρικ Σνόου του έκανε επίτηδες φάουλ, ο Τζόρνταν έβαλε και τις δύο βολές και μετά ο Μπόμπι Σίμονς έκανε επίτηδες φάουλ στον Τζον Σάλμονς για να μπορέσει ο Τζόρνταν να βγει αλλαγή για τελευταία φορά στην καριέρα του. Ολόκληρο το γήπεδο (21.257 φίλαθλοι), συμπαίκτες, αντίπαλοι, διαιτητές και γραμματεία σηκώθηκαν όρθιοι και τον χειροκροτούσαν επί τρία λεπτά.
Ο Τζόρνταν μετά την αποχώρησή του θέλησε να επιστρέψει στο πόστο του ως πρόεδρος των Ουίζαρντς, αλλά ο ιδιοκτήτης Έιμπ Πόλιν τον… απέλυσε στις 7 Μαΐου του 2003. Ο Τζόρνταν δήλωσε προδομένος και είπε ότι αν ήξερε πως θα τον απέλυαν μόλις αποχωρούσε από τα παρκέ, δεν θα έπαιζε ποτέ για τους Ουίζαρντς.
Το 2006, ο Τζόρνταν χώρισε οριστικά με τη γυναίκα του, Χουανίτα, η οποία πήρε 168 εκατομμύρια δολάρια στο συμβιβασμό, ποσό που τότε ήταν ο πιο ακριβός συμβιβασμός σε διαζύγιο στην ιστορία.
Το Φεβρουάριο του 2010, ο Τζόρνταν και η εταιρία του «MJ Basketball Holdings» έκαναν πρόταση για την αγορά του πλειοψηφικού πακέτου μετοχών των Σάρλοτ Μπόμπκατς. Στις 27 Φεβρουαρίου οι δύο πλευρές ήρθαν σε συμφωνία και στις 17 Μαρτίου το NBA επικύρωσε τη συμφωνία, κάνοντας τον Τζόρνταν τον 1ο πρώην παίκτη του NBA που έγινε ιδιοκτήτης ομάδας, έχοντας το πλεοψηφικό πακέτο των μετοχών. Ή όπως γράφτηκε τότε: «ο Τζόρνταν δεν είναι ο πιο εκκεντρικός ιδιοκτήτης, δεν είναι σίγουρα ο πιο πλούσιος. Είναι όμως ο μοναδικός από τον οποίο οι υπόλοιποι 29 θα ζητήσουν αυτόγραφο».
Στα επόμενα μέρη του αφιερώματος θα δούμε τα ρεκόρ και τις διακρίσεις του Τζόρνταν, αλλά και το τι είπαν γι’ αυτόν κατά τη διάρκεια της καριέρας του εξέχουσες προσωπικότητες του χώρου, για να κλείσουμε γνωρίζοντάς τον μέσα από τα δικά του λόγια στο πληρέστερο αφιέρωμα για τον Τζόρνταν που έχει γραφτεί ποτέ από ελληνικό μέσο.